五月初八ri，护龙军乘大雾夜渡长江，次ri克镇江。

  南明沿江守军皆溃。总兵郑鸿逵、郑彩部水师东遁入海，退回福建。十四ri，护龙军自镇江南下丹阳，西趋句容，直抵南京城下。大明摄政王二年（1645）五月十五ri大臣赵之龙、王锋、钱谦益等献南京城投降,护龙军占领南京。

  二十二ri，护龙军俘获逃奔芜湖的弘光帝朱由崧。至此，弘光政权亡。南明先后归降者共计马步兵23.8万人。二十四ri，冉义抵南京。

  六月初五ri，大明摄政王龙辰诏令下达江南各处，安稳江南民心，并继续抚剿江南未下城邑。

  护龙军自常州、无锡直取苏州，十三ri进入杭州。基本平定了江南各部，之后，冉义部重新整合，在江南进行休整，随时准备投入接下来的战事。

  大明摄政王三年八月，大明摄政王龙辰命孔有德为平南大将军，率部进攻湖广和广东。十月，大明摄政王龙辰又命佟养甲、李成栋领兵由闽南攻广东。

  十一月间，在广东建立了两个南明政权：桂王朱由榔在肇庆称帝，年号永历；唐王朱聿钅粤称监国于广州，年号绍武。二者互争正统，相煎火并。护龙军将领佟养甲、李成栋军乘南明内讧，于十一月下chao州(今广东chao安)、惠州，十二月攻入广州。绍武政权仅存在41天，便遭覆亡。于是，孔有德、李成栋两路大军合攻永历政权。大明摄政王四年(1647年)正月，李成栋军攻占肇庆，连下高、雷、廉三州，尾追朱由榔入广西，攻取梧州。孔有德军于三月攻占长沙，继而连下衡州(今衡阳)、宝庆(今邵阳)、桂阳、武岗、沅州(今芷江)、辰州(今沅陵)等地，占领湖南，并进军广西。

  五月，孔有德军进攻桂林，被瞿式耜、焦琏统南明守军击败。十一月，孔有德军又于全州被南明何腾蛟、瞿式耜击败，退回湖南。

  李成栋军攻广西亦受挫，退回广东。时大顺农民军余部李过、郝摇旗等与南明联合抗击护龙军，军势大振。

  大明摄政王五年(1648年)，江西提督金声桓、广东提督李成栋、大同总兵姜壤，先后反叛护龙军归南明，更振南明声势。

  护龙军失去赣、粤、晋诸省，朝廷震动。

  大明摄政王龙辰令定南王孔有德军于湖广积极动作，并以李九成定远大将军，统兵往湖广，协孔有德部；命吴三桂自锦州移镇汉中，活动于陕川，以为策应；命耿jing忠、尚可喜率所部兵各两万，往征广东；同时，命将分路征剿叛军。为征金声桓，大明摄政王龙辰命谭泰为征南大将军，同何洛会、刘良佐等征江西。该部克九江、饶州(今饶阳)，围南昌孤城凡六个月，至大明摄政王六年(1649年)正月，用红衣大炮破城，金声桓死。

  同月，护龙军攻占湘潭，擒杀明东阁大学士何腾蛟，衡、永、宝、郴等州下。

  二月，护龙军突袭江西信丰之李成栋营，李成栋死。

  赣、湘失而复得。

  对姜壤，赵一名先统兵围大同。随之，大明摄政王龙辰调祖宽部急援大同；六年正月，命大军先讨汾州，后围大同。

  四月，复遣诸路援军前往大同。其间，龙辰两次亲往大同，多次谕降大同叛军；

  八月，叛军内讧，护龙军入城。山西复平。

  广西方面，大明摄政王六年十二月李九成所部先败三路攻全州之南明军，再败道州之南明军，于大明摄政王七年(1650年)正月班师回京。

  孔有德军至七年四月间征战于湖南，先后于衡州、永州、武岗、龙虎关战胜南明军。

  十一月入严关，攻克桂林。八年(1651年)十二月取宾州(今宾